Συναγερμό και στο κυβερνητικό επιτελείο έχει σημάνει η σοκαριστική υπόθεση με τις καταγγελίες για σεξουαλική κακοποίηση ανηλίκων, αλλά και για εν γενεί κακοποιητικές συμπεριφορές, με φόντο την Κιβωτό του Κόσμου. Το γεγονός, μάλιστα, ότι αρκετές από τις καταγγελίες στρέφονται εναντίον του πατέρα Αντωνίου Παπανικολάου επιτείνει τη σοβαρότητα της κατάστασης, με αποτέλεσμα η κυβέρνηση να καλείται να αξιολογήσει την κατάσταση, μιας και διασαλεύεται η ευημερία χιλιάδων παιδιών που διαμένουν στις δομές της Κιβωτού ανά την Ελλάδα.
Στη σύσκεψη που πραγματοποιήθηκε με τη συμμετοχή υψηλόβαθμων κυβερνητικών αξιωματούχων, αλλά και αρμοδίων, όπως η υφυπουργός Πρόνοιας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης Δόμνα Μιχαηλίδου και ο γενικός γραμματέας Κοινωνικής Αλληλεγγύης Γιώργος Σταμάτης, έγινε μια συνολική αξιολόγηση της κατάστασης με τις ανακοινώσεις να γίνονται στις 12:30 το μεσημέρι από τον κυβερνητικό εκπρόσωπο Γιάννη Οικονόμου.
Κοινή συνισταμένη των κυβερνητικών στελεχών και χωρίς να προκαταλαμβάνεται η ποινική έκβαση της υπόθεσης είναι ότι η σκιά είναι εξαιρετικά βαριά πάνω από την Κιβωτό, κάτι που αντανακλάται και στην απόφαση του υπουργού Οικονομικών Χρήστου Σταϊκούρα να ζητήσει πίσω την οικονομική ενίσχυση προς την Κιβωτό που δόθηκε την περίοδο της πανδημίας και έχει ήδη εκταμιευθεί.
