Ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος επικαλέστηκε μάλιστα απόφαση της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος του έτους 1864, στην οποία οι αρνητές του εμβολιασμού χαρακτηρίζονταν ως αυτόχειρες
Ο κ. Χρυσόστομος επικαλέστηκε μάλιστα απόφαση της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος του έτους 1864, στην οποία οι αρνητές του εμβολιασμού κατά της ευλογιάς χαρακτηρίζονταν ως αυτόχειρες, το δε εμβόλιο ως «το μοναδικόν αντίδοτον φάρμακον και το ασφαλέστερον εν τη πασχούση κοινωνία μέσον προς ύφεσιν, προς αποτροπήν της μεταδόσεως και εντελή εξάλειψιν της ολεθρίου ταύτης νόσου».
Σε ερώτηση πώς πρέπει να αντιμετωπίσει η Ιεραρχία το φαινόμενο ιερέων να παραβιάζουν τα μέτρα και τους κανόνες αμφισβητώντας σε ορισμένες περιπτώσεις ακόμη και αυτή την πανδημία, ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας ήταν ξεκάθαρος: «Η Ιεραρχία δεν έχει τον τρόπο να επιβάλλει στους κληρικούς της τις αποφάσεις της. Εκείνη υποδεικνύει και ο κάθε κληρικός σύμφωνα προς την ιερατική και εκκλησιολογική του συνείδηση πρέπει να τηρεί και να εφαρμόζει τις αποφάσεις της. Θα πρέπει επίσης να γνωρίζουμε ότι η Εκκλησία δεν μπορεί να γίνεται είτε με τον λόγο της είτε με τα έργα της πρόξενος του κακού και του θανάτου, αλλά θα πρέπει να συμβάλλει στη διατήρηση και διαιώνιση της ζωής η οποία είναι δώρον Θεού και αυτό κάνει. Η απώλεια αγαπητών και προσφιλών προσώπων, κληρικών λαϊκών και μοναχών θα πρέπει να αποτελέσει για όλους μας κριτήριο αξιολογικής κρίσης της στάσης μας έναντι των παραινέσεων της Συνόδου, αλλά και της πανδημίας».