Σύμφωνα με αποφάσεις του Συμβουλίου της Επικρατείας, η Εκκλησία υποχρεούται να καταβάλει φόρο εισοδήματος για τα ενοίκια που εισπράττει από τη μίσθωση αστικών ακινήτων της.
Η Εκκλησία είχε προσφύγει στο ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο κατά της βεβαίωσης φόρου εισοδήματος 2,9 εκατομμυρίων ευρώ για έσοδα από την ενοικίαση 164 αστικών ακινήτων, για την περίοδο 2011-2013.
Όπως αναφέρει δημοσίευμα της «Καθημερινής», το ΣτΕ έκρινε πως ο νόμος του 1952 που προέβλεπε απαλλαγή από φορολόγηση καταργήθηκε το 1971 με συνέπεια έκτοτε η Εκκλησία να είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα.
Παρά την προσφυγή της στο ΣτΕ πάντως η Εκκλησία κατέβαλε για την χρήση του 2016 φόρο 2,17 εκατ. ευρώ για φόρους εισοδήματος, ΕΝΦΙΑ και άλλες επιβαρύνσεις.
