Μπορεί να μοιάζουν και τα δύο με μίνι κεκάκια, ωστόσο τα muffins και τα cupcakes διαφέρουν μεταξύ τους και αυτό δεν έχει να κάνει μόνο με το όνομα που τους δίνουμε.
Η ουσιώδης διαφορά μεταξύ των δύο έχει να κάνει με τη διαδικασία παρασκευής τους, καθώς στις περισσότερες συνταγές για muffins τα στεγνά υλικά ανακατεύονται μεταξύ τους σε ξεχωριστό μπολ από τα υγρά, πριν ενωθούν σε ένα μείγμα με απαλές κινήσεις. Από την άλλη, στις συνταγές για τα cupcakes τα υλικά μπαίνουν συνήθως στον κάδο του μίξερ όλα μαζί, χωρίς να διαχωρίζονται σε στεγνά και υγρά πριν.
Επιπλέον, όσον αφορά στα υλικά τους, τα cupcakes συχνά περιέχουν περισσότερη ζάχαρη και λιπαρά, ενώ τα muffins μπορεί να γίνουν και πιο «υγιεινά» με την προσθήκη φρούτων ή δημητριακών (π.χ. βρώμη), αλλά και να γίνουν αλμυρά με την προσθήκη υλικών όπως τυρί, αλλαντικά και λαχανικά. Τέλος, δεν ξεχνάμε ότι στο σερβίρισμα τους, τα αυθεντικά cupcakes καλύπτονται πάντα με βουτυρόκρεμα ή άλλο γλάσο, ενώ τα muffins σερβίρονται συνήθως ως έχουν.
